Hola de nuevo Pablo, comienzo por hacer una diferencia:

• WordPress. Sistema de gestión de contenidos
• Elementor. Plugin de edicion visual

Si bien trabajan juntos, no son lo mismo. Entonces el menú en Apariencia > Menú no está controlado por Elementor.

¿Que sucede? ¿por que no aparece la opcion de menu en apariencias? Esto es debido a que WordPress esta fomentando el uso de bloques para edición de sitios. Entonces algunos themes de WordPress esperan que el menú lo personalices con widgets o bloques.

Por eso los elementos que redundan como el de Apariencia > Menu, desaparece, si usas algunos themes.

En este caso tu usas el theme Twenty Twenty-One, cambia por ejemplo al theme Hello y veras que la opción de menú regresa.

En cuanto al error de edición de elementor, no he logrado replicar, funciona bien.

Si tienes mas dudas dejame saber.