Hola John, intentare explicarte:

1. El tema cobros, si lo recibes o no y demas corresponde a la pasarela estrictamente
2. El tema de si es recurrente, y que por que lo hace si no lo tiene y cosas asi, depende del modulo de integracion entre WHMCS y la pasarela. En ese caso debes averiguar con el desarrollador del modulo directamente respecto a como quitar esa opción, o que la implemente ¿Cuál es la pasarela y modulo por cierto?
3. Finalmente, cuando tienes un cobro automático, esto es una suscripción y puede llegar a quedar activa indistinto del estado del servicio, esto sobre todo si no fue adecuadamente codificado en el modulo de integración. El tu suspender el servicio o cambiar la forma de pago, no impactara en el modulo y su configuración. Una vez mas, precisas ir con el desarrollador del modulo.