Hola Gonzalo, la informacion que provees es muy general como para poder ayudarte de forma eficiente.

En cualquier caso, si dispones de la base de datos y archivo de configuracion puedes restaurar manualmente esto en tu nueva instalacion.

Ahora bien, en general la mejor solucion es que restaures la instalacion completa que borraste desde tus copias de seguridad en cPanel > Jetbackup

Saludos