Hola Anny, perdona no vi el dominio al inicio.

He revisado y no encuentro relacion y sentido en esos directorios ocultos. Sin embargo revisando tu WP si veo que tienes algunos plugins que tienen conflicto entre si y mas bien pienso que estos directorios pudieron ser generados por una tarea cron.

En todo caso, quite la asociación de WP Toolkit temporalmente del dominio y envie esos directorios al Trash, me parece que la web funciona bien. Por favor verifica de tu lado, si todo esta bien sugiero que:

1. Elimines permanente esos archivos

2. Asocies en WP Toolkit de nuevo

3. Tomes en cuenta todas las sugerencias de WP toolkit.

Dejame saber cualquier otra duda por favor.