Mas o menos, dejame intentar aclarar la pregunta

Me refiero con el tema de integracion de login, register en la pagina propia mia

No me queda claro el tema, el Login puedes tu integrarla facilmente haciendo uso de la funcion Utilidades > Codigos de Integración. No es posible integrar el registro, este debe suceder en tu propio WHMCS.

q cuando se loge, o registre (y se logue) Aparezca q este logeado directamente

Esto si es posible, pero requiere que modifiques algo de codigo. ¿En que esta diseñado tu sitio?

y funcione el carrito

Esta parte no me queda clara, el carrito de tu WHMCS funciona ¿quieres poner el icono de carrito en tu sitio? no entendi muy bien

Quedo atento