Hola! mi sugerencia aca seria no limitar el acceso a cPanel, ya que necesitas modificar el codigo en tu WHMCS. Mas bien puedes brindarles acceso a un cPanel mas basico usando el Feature Manager https://aprende.gigacore.io/lessons/entendiendo-la-opcion-feature-manager/

En todo caso, si deseas modificar el comportamiento de WHMCS podrias usar un hook que oculte opciones. Aqui te permito un ejemplo rapido de un Hook que puedes usar como base para tal efecto:

<?php

use WHMCS\View\Menu\Item as MenuItem;

add_hook('ClientAreaPrimarySidebar', 1, function(MenuItem $primarySidebar)
{

$service = Menu::context('service');    
$domain = $service->domain;

if (!is_null($primarySidebar->getChild('Service Details Actions'))) {
            $primarySidebar->getChild('Service Details Actions')
                           ->getChild('Login to cPanel')
                           ->setUri('http://'.$domain.'/cpanel');
            $primarySidebar->getChild('Service Details Actions')
                           ->getChild('Login to Webmail')
                           ->setUri('http://'.$domain.'/webmail');
   }
});