Hola Jhon, en efecto debes descargr esos archivos para no perder las personalizaciones y despues puedes sobreescribirlos.

Aunque dependiendo de la magnitud de los cambios quizas necesites usar esos archivos para aplicar nuevas personalizaciones en tu WHMCS ya que en ocasiones el cambio estructural de esos archivos puede ser grande y al sobreescribir puedes perder funcionalidad nueva de whmcs

Aca tienes mas info: https://developers.whmcs.com/themes/customising/